Podczas gdy hitlerowcy oczekiwali na reakcję Komendy Głównej AK na propozycje, zawiezione do Warszawy przez ppłk A. Kaczmarczyka, w Krakowie podejmowano przygotowania do uwolnienia z rąk niemieckich komendanta Okręgu i jego towarzyszy. Próby, zmierzające do jego odbicia wielokrotnie zostały już opisane, głównie przez jednego z uczestników tych przedsięwzięć – Stanisława Dąbrowę-Kostkę. Trzeba jednak stwierdzić, że akcję uwolnienia więźniów zatwierdził ówczesny szef Kedywu Komendy Głównej, ppłk Jan Mazurkiewicz, pseud. Radosław. Dowództwo nad przygotowaniami do uwolnienia więźnia objął szef Kedywu Podokręgu Rzeszowskiego, kpt. Zenon Sobota, pseud. Świda. Rozważany wariant uderzenia na więzienie Montelupich zakładał wprowadzenie do Krakowa dużych sił Kedywu i innych oddziałów dyspozycyjnych Inspektoratu Rejonowego Kraków, na co jednak nie wyrazili zgody wyżsi przełożeni w AK. Uderzeniem na więzienie miał bezpośrednio dowodzić kpt. Bolesław Rudziński, pseud. Irka. Przygotowując różne warianty uwolnienia S. snuto mało realne plany, jak ściągnięcie samolotów Royal Air Forces dla zbombardowania niemieckiej dzielnicy Krakowa, co miało odwrócić uwagę od uderzenia na więzienie czy porwania Wyższego Dowódcy SS i Policji, gen. W. Koppego i wymienienie go na więzionego wciąż (aż do 27 VII) na Montelupich komendanta Okręgu. Brano też pod uwagę przeprowadzenie akcji na cmentarzach Salwatorskim i Rakowickim, które rzekomo „załamany” S. miał wskazać policji niemieckiej jako miejsca ukrycia głównych archiwów i magazynów broni Okręgu Krakowskiego AK, by sprowokować przewiezienie go w któreś z tych miejsc celem jego identyfikacji. Wokół tych wersji, a także wielu innych, narosło sporo różnych sprzecznych i mitomańskich opinii, hipotez i prawd. Dzisiaj wiadomo, że wszystkie próby odbicia, wymiany, a nawet wykupu były bezcelowe. Zastrzeżenia dotyczą także innych zaistniałych zdarzeń, m.in. akcji 26 V w rejonie Fortu Mogilskiego, podczas której miano podjąć próbę uwolnienia z rąk policji niemieckiej komendanta Okręgu Krakowskiego AK, w rzeczywistości zaś komendanta Chorągwi Szarych Szeregów i zastępcę szefa Biura Informacji i Propagandy Okręgu Edwarda Heila, pseud. Jerzy. Bliscy współpracownicy komendanta Okręgu, mjr S. Sikorski i dr A. Gradziński zostali rozstrzelani dnia 27 V w zbiorowej egzekucji przy zbiegu ulic Lubicz i Botanicznej. W sierpniu do obozu koncentracyjnego Gross-Rosen zostali skierowani: por. B. Budkiewicz (Gestapo nie udało się ustalić jego tożsamości), ppor. W. Zakrzewski, mjr S. Łuczyński i W. Müller (tylko on przeżył). W lipcu do Ravensbrück wywieziono „Stachę” i „Jolę” (obóz przeżyły). „Mirską”, „Basię” i „Bacę” zwolniono z Montelupich w końcu lipca 1944 w obliczu paniki, wywołanej zagrożeniem Krakowa przez Armię Czerwoną. Uwolniono też wtedy „Tomasza”; zamieszkał w swoim dawnym mieszkaniu i przystąpił do pracy w Zarządzie Miasta (wojnę przeżył). Inne osoby, zatrzymane bez związku z aresztowaniami, odzyskały wolność po kilku dniach lub tygodniach.
Wiadomość o aresztowaniu S. już po kilku dniach dostarczono rodzinie w Warszawie. Za pośrednictwem szefa Oddziału I Komendy Głównej AK, ppłk A. Sanojcy dotarła ona najpierw do ojca na Koło, a potem dopiero do żony i reszty rodzeństwa. Wkrótce potem szczegóły aresztowania przedstawił osobiście rodzinie W. Bniński. Komenda Główna AK poleciła żonie S. zmienić mieszkanie, ukryć dzieci i zawiadomiła ją o decyzjach w sprawie materialnego zabezpieczenia rodziny.
W związku z aresztowaniem męża Eleonora S. dwukrotnie przybywała do Krakowa. Za pierwszym razem otrzymała pomoc od F. Ponickiego, ponieważ S. miał u niego zdeponowane pewne kwoty, związane z istnieniem przedsiębiorstwa przewozowego. Trafiła do niego również po Powstaniu Warszawskim i uzyskała potrzebną jej pomoc. Kolejny wyjazd odbyła w lipcu, tym razem na bezpośrednie wezwanie władz niemieckich. Na widzenie się z mężem uzyskała zgodę Komendy Głównej AK. Nastąpiło ono 18 lipca (?) w więzieniu Montelupich i dotyczyło spraw osobistych. Jest to ostatnia pewna wiadomość o S.
Podobno 27 VII 1944 został wywieziony do obozu koncentracyjnego Gross-Rosen (Rogoźnica na Śląsku), choć w Krakowie krążyła opinia, że wysłano go do więzienia Moabit w Berlinie. Problemem otwartym pozostaje miejsce i data śmierci S. Występują na ten temat różne opinie. Można z dużym prawdopodobieństwem przyjąć, iż jego egzekucja odbyła się w obozie Sachsenhausen, gdzie na wiadomość o wybuchu Powstania Warszawskiego na rozkaz Heinricha Himmlera zgładzono dużą grupę wyższych oficerów AK. Istnieją też przesłanki, aby jego miejsca śmierci szukać w Gross-Rosen lub Mauthausen, 31 XII 1944.
Wyżej wspomniane propozycje niemieckich władz policyjnych znane są tylko ze źródeł polskich. Należy przyjąć, iż możliwe jest odnalezienie dokumentacji niemieckiej w tej sprawie, co z jednej strony może wyjaśnić wszystkie okoliczności związane ze śmiercią S., zaś z drugiej strony oczyścić z ogólników i domniemań pole dla dalszych badań.
S. był kawalerem najwyższych odznaczeń bojowych: Krzyża Virtuti Militari 4 kl. (nr 00069), dwukrotnie 5 kl. (nr 4967, 14221), Krzyża Walecznych, Złotego Krzyża Zasługi z Mieczami i pośmiertnie: Krzyża Armii Krajowej, Krzyża Grunwaldu 3 kl. i Medalu „Za Wojnę Obronną 1939”. W 1982 z inicjatywy Zarządu Oddziału Kraków-Śródmieście Związku Inwalidów Wojennych RP przy ul. J. Dietla 32 – w miejscu jego aresztowania – odsłonięto pamiątkową tablicę. Jednej z ulic Krakowa nadano dwukrotnie (1986, 2000) imię Józefa Spychalskiego. Nazwisko S. widnieje również na tablicy „Cichociemnych” w kościele św. Jacka w Warszawie.